色譜柱在色譜儀分析系統中起著分離作用，是色譜分析的核心部件。正確使用和維護色譜柱尤為重要，使用不當就會降低柱效、縮短使用壽命甚至損壞。以下從幾個方面介紹色譜柱在使用過程中需要規避的問題。
一、避免壓力和溫度的急劇變化
溫度的突然變化或者使色譜柱從高處掉下都會影響柱內的填充狀況；柱壓的突然升高或降低也會沖動柱內填料，因此在調節流速時應該緩慢進行，以保持色譜柱內填料的穩定性。
二、避免直接改變溶劑的組成
在需要改變檢測樣品溶液組成是，應逐漸改變溶劑的組成，特別是反相色譜中，不應直接從有機溶劑改變為全部是水，反之亦然。且在使用次洗脫能力強的 洗脫液沖洗色譜柱時，對流路系統中流動相的置換應以相混溶的溶劑逐漸過渡，每種流動相的體積應是柱體積的20倍左右，即常規分析需要50~75ml。
三、避免色譜柱反沖
一般來說色譜柱不能反沖，只有色譜柱使用說明書上標明該柱可反沖才可以反沖除去留在柱頭上的雜質。否則，反沖色譜柱的影響是迅速降低柱效。
四、避免流動相使用不當而破壞固定相
選擇使用適宜的流動相(尤其是pH)，以避免固定相被破壞。有時可以在進樣器前面連接一段預柱，分析柱是鍵合硅膠時，預柱為硅膠，可使流動相在進入分析柱之前預先被硅膠"飽和"，避免分析柱中的硅膠基質被溶解。
五、禁止樣品未經處理直接進入色譜柱
避免將基質復雜的樣品尤其是生物樣品直接注入柱內，需要對樣品進行預處理或者在進樣器和色譜柱之間連接一保護柱。保護柱一般是填有相似固定相的短柱。保護柱可以而且應該經常更換。
六、禁止將緩沖溶液長時間存放在色譜柱內
保存色譜柱時應將柱內充滿乙腈或甲醇，柱接頭要擰緊，防止溶劑揮發干燥。禁止將緩沖溶液留在柱內靜置過夜或更長時間。
七、禁止色譜柱未經處理直接封存
色譜柱使用完成之后須使用相宜溶劑進行清潔處理，例如ODS柱宜用甲醇沖洗至基線平衡；當采用鹽緩沖溶液作流動相時，使用完后應用無鹽流動相沖洗；含鹵族 元素(氟、氯、溴)的化合物可能會腐蝕不銹鋼管道，不宜長期與之接觸；裝在液相色譜儀上的色譜柱如不經常使用，應每隔4-5天開機沖洗15分鐘。
